Ukończył Państwowe Liceum Techniki Teatralnej. Studia rozpoczął na wydziale filozofii na Uniwersytecie Warszawskim. Po roku porzucił je na rzecz reżyserii w PWSFTiTV w Łodzi (dyplom 1973). Od 1988 uczy w Akademii Teatralnej w Warszawie (dawniej PWST). W sezonie 1990-91 był dyrektorem Teatru Powszechnego. Zadebiutował w 1969 jako satyryk w „Szpilkach”. Jest człowiekiem wielu zawodów, bardzo płodnym artystycznie. Pisze książki dla dzieci i dorosłych (często je własnoręcznie ilustrując), słuchowiska, sztuki teatralne oraz adaptacje i piosenki. Reżyseruje w bardzo wielu teatrach w całym kraju. Kręci filmy i seriale telewizyjne. Ma na koncie dziesiątki przedstawień teatralnych i telewizyjnych, koncerty, piosenki.
Oprócz własnej pracy artystycznej, której syntezę zawarł w niewielkiej, ale bogatej w tezy i wnioski książeczce „Krótki zarys męki twórczej”, od 1972 para się działalnością pedagogiczną. Od 1988 był etatowym wykładowcą na wydziale reżyserii warszawskiej Akademii Teatralnej, gdzie trzykrotnie był dziekanem. Działa też w polskim ośrodku ASSITEJ, gdzie prowadzi warsztaty dla młodych twórców w ramach programu Interplay. Realizuje spektakle różnorodne gatunkowo, od Szekspira do sitcomów i seriali: „Miasteczko”, „Kocham Klarę”, „Miodowe lata”, „Pensjonat pod różą”, „Doręczyciel”.
Do jego najważniejszych i najbardziej pamiętanych przez widzów realizacji należą min: „Iwona księżniczkę Burgunda” Gombrowicza (wespół z W. Śmigasiewiczem), pierwsza próba prawdziwie komercyjnego teatru w Polsce, czyli „Tamara” Krizanca, „Shirley Valentine” Russella z Krystyną Jandą (przedstawienie, które przekroczyło liczbę pięciuset spektakli i wciąż jest grane), „Amadeusz” Schaffera, „Zmowa świętoszków” i „Ostatnie dni” Bułhakowa , prapremiera „Miłości na Krymie” Mrożka, „Ławeczka” Gelmana, „Komediant” Bernhardta i czteroodcinkowy film telewizyjny (w sumie ośmogodzinny) „Mistrz
i Małgorzata” wg Bułhakowa z Anną Dymną i Gustawem Holoubkiem w rolach tytułowych), „Burzliwe życie Lejzorka” wg. Erenburga. Wciąż powtarzane przedstawienia telewizyjne dla najmłodszych to „Bromba i inni”, „Brzechwa dzieciom” czy „Pierścień i róża” wg. Thackeraya. Z ważniejszych prac autorsko-reżyserskich należy wymienić „Żelazną konstrukcję” w Teatrze Powszechnym z 1998 – brawurową współczesną farsę; telewizyjne „Grzechy starości” z 2001 o Wagnerze i Rossinim, „Bułhakowa” z Teatru im. Słowackiego w Krakowie (2002), „Chryje z Polską” (2008) i „Powidoki” (2010) w Teatrze Telewizji. Na dużym ekranie zadebiutował w roku1983 filmem fabularnym dla młodzieży według własnej powieści „Synteza”. W roku 1985 zrealizował film „Ognisty anioł” według prozy Walerego Briusowa. W roku 2007 powrócił na duży ekran filmem „Ogród Luizy” nagrodzonym za reżyserię na festiwalu w Gdyni (Nagroda Publiczności w Moskwie na festiwalu „Wisła 2008).
W roku 2010 premierę miał jego kolejny film fabularny, komedia - „Święty interes”. Książki i sztuki Macieja Wojtyszki tłumaczono na kilkanaście języków. Propozycje dla dzieci to „Bromba i inni” (1975), „Antycyponek”, „13 piórko Eufemii”, Tajemnica szyfru Marabuta”, „Synteza”, „Saga rodu Klaptunów”, „Bromba i filozofia” (2004), „Bromba i psychologia” (2007), „Bromby i Fikandra wieczór autorski” (2009). W 2005 roku agencja edytorska Ezop wydała tom jego siedmiu sztuk, w którym z braku miejsca pominięte zostały takie tytuły jak „Wznowienie”, „Skarby i upiory”, „Opera granda” oraz popularne w repertuarze teatrów dziecięcych „Pożarcie królewny Bluetki” (16 wystawień), „Wakacje smoka Bonawentury”, „Faust i inni”, ,Hermes przeszedł czyli mitologia grecka”, „Poplątanie z pomieszaniem”, „Rycerz niezłomny”, „Bambuko, czyli skandal w krainie gier” oraz adaptacje własnych książek „Sekret wróżki” i „Tajemnica szyfru Marabuta”. W roku 2011 wyreżyserował „Edukację Rity” Willy Russela w teatrze 6 piętro w Warszawie.
W roku 2012 wraz z synem Adamem wyreżyserował musical Jerzego Ozgi do muzyki Krzesimira Dębskiego „Nie ma solidarności bez miłości”. W roku 2013 „Obietnicę poranka” według powieści Romain Gary z Anną Seniuk i Grzegorzem Małeckim (spektakl jubileuszowy 45-lecia Anny Seniuk), oraz „Marienbad” według Szolem Alejchema - adaptacja Henryka Królikowska piosenki Maciej Wojtyszko w Teatrze Żydowskim w Warszawie.
W roku 2014 wyreżyserował dwie własne sztuki „Bromba w sieci” w Teatrze 6 piętro i „Dowód na istnienie drugiego” w Teatrze Narodowym w Warszawie. W roku 2015 wyreżyserował wraz z synem Adamem „Rękopis znaleziony w Saragossie” w Teatrze Rozrywki w Chorzowie. Spektakl muzyczny z muzyką Krzesimira Dębskiego i autorskim librettem. Maciej Wojtyszko otrzymał wiele nagród, min. włoską Premio Europeo, Medal Komisji Edukacji Narodowej, Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski, Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski, Złoty Ekran, „Gloria Artis”, Nagrodę im. Leona Schillera i Nagrodę Miasta Wrocławia za twórczość teatralną. Kawaler Orderu Uśmiechu.